La España reconquistada cambió después del asesinato del rey Sancho Garcés el de Peñalén, dando lugar a un segundo tiempo histórico muy convulso en el que no existen reyes propios en este reino, porque el territorio de soberanía de aquellos monarcas es disfrutado y compartido según el resultado de las armas, por los reyes descendientes de Sancho III el Mayor en Castilla y Aragón, de acuerdo con el límite de sus respectivos dominios, en paces y concordias de escasa duración. Los monarcas de estos reinos alegaban derechos procedentes de la división de Sancho III el Mayor. Aunque, en este segundo período, surgió un tercero en discordia: García Ramírez, que se adueñó de Pamplona y apodaron el Restaurador. Era hijo del infante Ramiro, nieto de Sancho el de Rueda y bisnieto de García Sánchez, rey de Nájera.

Los antecedentes del Reino de Nájera se remontan al primer tercio del siglo VIII cuando destacadas familias cristianas hispano-godas mantienen relaciones políticas y familiares con los Banu Qasi, con obediencia de los emires de Córdoba, según su conveniencia. El rey pamplonés Sancho Garcés I (905-925) pide la ayuda de Ordoño II de León para avanzar Ebro arriba y ocupar La Rioja. Juntos atacaron sin éxito el castillo de Nájera, en ese momento de dominio musulmán.

A partir del momento de la ocupación del castillo de Nájera y otras plazas riojalteñas a los musulmanes, el rey pamplonés coloca a su hijo, el infante García en la corte de Nájera, quedándose su padre en Pamplona. A partir de ese momento ya se puede hablar del Reino de Nájera.

Antes del año 924, que fue cuando Abd al-Rahman III destruyó Pamplona hasta sus cimientos, el nuevo príncipe residió en Calahorra y en Nájera, convirtiéndose esta última, en el centro de la política y de la acción militar.

Primer monarca najerino

García Sánchez, primer rey de Nájera (918-970), a la muerte de su padre, unió Nájera con los restos de Pamplona. En Nájera tenía el rey sus palacios y residía la Curia real; Pamplona pasó a ocupar un lugar secundario.

Después reinó Sancho Garcés Abarca (970-994) que pactó una tregua con el califa de Córdoba al-Hakam. La sultana Aurora, Subb para los árabes y natural de Nájera, encumbró a Mohamed Ben-Abi-Amir, su amante, conocido por Almanzor, el azote de los cristianos.

García Sánchez el Trémulo (995-1000), también conocido por el Temblón o el Tembloroso, a causa de su actitud nerviosa e inquita antes del combate.  El Amirita empleó el verano del 996 para guerrear por León; robó templos, saqueó cosechas y no dejó lugar sin arruinar y someter a su servidumbre. El caudillo musulmán murió en 1002, dejando tras de sí regueros de sangre y fuego; por ejemplo, incendiando el monasterio de San Millán de la Cogolla.

La división del reino de Nájera-Pamplona

Sancho III el Mayor de Nájera debió nacer el año 990. Se casó con Elvira, Munia o doña Mayor, que con estos nombres fue conocida la reina.  Durante su reinado, a través de una inteligente política de pactos logró la unificación de la España reconquistada: el tercio superior de la Península Ibérica. A su muerte, en 1035, tendría lugar la división de su imperio. El primogénito García Sánchez el de Nájera (1032-1054), le sucedió como rey de Nájera; Fernando Sánchez (1032-1060) conde de Castilla y rey de Castilla (1060-1065); Gonzalo Sánchez sería conde de Sobrarbe y Ribagorza; y su hijo bastardo Ramiro, cuya madre fue Sancha de Aibar, fue régulo de Aragón (1932) y rey de Aragón (1055-1063).

El rey Sancho III pasó largas temporadas negociando o guerreando. Como monarca najerino, en 1032, ejercía sus dominios desde la cornisa Cantábrica a Pamplona, Soria, Segovia y Burgos, con la Corte en Nájera, así como en Aragón y los estados vasallos de León (que incluía Galicia) y el Condado de Barcelona.

La desgraciada batalla de Atapuerca, que enfrentó a García el de Nájera con su hermano Fernando, terminó con la muerte del monarca najerino en el campo de batalla y el alzamiento inmediato como rey de Nájera de Sancho Garcés, cuando éste tenía catorce años.

La ciudad de Nájera conservó su fama de Corte de un gran reino y Madre de reinos. Son muchos los que mantienen el error histórico de confundir el Reino de Nájera con Navarra. Si bien es cierto que los reyes najerinos proceden de una dinastía pamplonesa, el nombre del Estado jamás ha sustituido al del reino donde se establecieron.

Pocos españoles recordarán que la reina madre Dª Berenguela, el obispo D. Mauricio de Burgos y el señor de Vizcaya D. Lope Díaz II de Haro, asistieron a la coronación del Fernando lII el Santo en Nájera, el primer día de mayo del año del Señor de 1218.