El 23 de diciembre de 1897, España y los rebeldes filipinos firmaban el Pacto de Biak-na-bato. Los líderes independentistas, encabezados por Emilio Aguinaldo, fueron indemnizados económicamente y se exiliaron, y Filipinas volvió a estar en paz y bajo dominio español. Sin embargo, todo cambio con el inicio de la guerra hispano-estadounidense el 21 de abril de 1898. El 1 de mayo la flota española es destruida por los norteamericanos en la batalla de Cavite y empieza la invasión del archipiélago. Aguinaldo regresó clandestinamente a Filipinas el 19 de mayo, apoyado por los norteamericanos, y proclamo la independencia el 12 de junio de 1898. La firma del tratado de París entre España y Estados Unidos pondría fin al conflicto y la entrega de Cuba, Puerto Rico, Filipinas y Guam a los norteamericanos. Los últimos de Filipinas, los héroes de Baler, mantendrían la bandera española izada hasta el 2 de junio de 1899.

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El 1 de enero de 1899 Emilio Aguinaldo es elegido presidente. Posteriormente se redactó una constitución en Malolos y se proclamó la primera república filipina el día 23. Sin embargo, para sorpresa de los filipinos, los estadounidenses no tenían ninguna intención de liberar Filipinas y menos aún de irse. El presidente William McKinley había declarado que la anexión de las Filipinas “habría sido, de acuerdo a nuestro código moral, una agresión criminal”. El 4 de febrero un soldado filipino fue abatido al cruzar un puente en una zona de jurisdicción estadounidense, comenzando así la guerra entre la nueva república y los ocupantes norteamericanos. McKinley justificaría la guerra manifestando que los insurgentes habían atacado Manila. Para McKinley los filipinos eran “incapaces de autogobernarse y tenían que ser educados y cristianizados”. Aguinaldo fue capturado el 2 de julio de 1902, lo que puso fin “oficialmente” a la guerra. Macario Sacay asumió la presidencia y continuó la lucha hasta que, engañado por una falsa oferta de amnistía y un puesto en la futura Asamblea Nacional, fue ahorcado junto a sus hombres el 13 de septiembre de 1907.

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La guerra causó la muerte de 4.234 soldados estadounidenses y de 20.000 soldados filipinos. El número de civiles filipinos muertos por hambre, enfermedad y por las acciones de represalia del ejército estadounidense se estima entre 200.000 y más de un millón de muertos. Según el sacerdote católico Manuel Arellano en 1895 la población filipina era de unos 9 millones de personas, y el censo oficial estadounidense de 1903 contabilizó 7.635.000 habitantes. En 1998 el estadounidense James B. Goodno cifraba el número de muertos en un millón y medio. Lo cierto es que la actuación del ejército norteamericano fue brutal. Se uso la tortura y la violación. Se quemaron aldeas. Se cortó el aprovisionamiento de agua potable para rendir aldeas por sed y enfermedad. Se exterminó a la mayor parte de los carabaos (búfalos de filipinas) para condenar a la población de hambre. Por ejemplo, la provincia de Batangas al sur de Manila contaba con 40.000 habitantes y 19.500 hectáreas de cultivo en 1896; cuatro años más tarde solo quedaban 11.560 personas y 632 hectáreas. La guerra también fue cultural. Los norteamericanos intentaron borrar la huella española de Filipinas; se impuso el inglés como lengua vehicular y oficial, despreciando al español y a las lenguas nativas, y se fomentó el protestantismo para debilitar a la Iglesia Católica. Les obligaron a hablar en inglés, pero no les convirtieron en ciudadanos estadounidenses. 

Dentro de los crímenes cometidos contra la población filipina, el más tristemente conocido por su repercusión pública es el de la quema de Samar, a finales de 1901. Esta campaña fue una represalia por un ataque de la guerrilla contra tropas estadounidenses en la ciudad de Balangiga, en Samar, la tercera isla más grande del archipiélago. Los americanos eran inferiores en número y fueron tomados por sorpresa. Murieron 48 soldados y otros 22 resultaron heridos, solo escaparon unos pocos supervivientes. Los insurgentes de la isla estaban bajo el mando del general Vicente Lukbán, que había sido enviado allí como gobernador por el presidente Aguinaldo.

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El ataque causó una gran conmoción en Estados Unidos y fue comparada con la masacre del general Custer en Little Big Horn. El gobernador militar de Filipinas, el general Chaffee encargó al general Jacob Hurd Smith la pacificación de Samar por orden del entonces presidente Theodore Roosevelt. Smith, deseoso de aplastar por completo a la insurgencia, quería convertir la isla en un desierto e instruyó al mayor Littleton Waller, al mando de un batallón de marines, de los métodos que había que emplear: “No quiero prisioneros. Deseo matar y quemar; cuanto más maten y quemen, más a mi favor”. También dio órdenes de matar a todos aquellos capaces de portar armas. Cuando Waller le preguntó a Smith el límite de edad a respetar, Smith respondió que diez años.

Smith dejo claro a sus oficiales que debían considerar enemigos a todos los filipinos y tratarlos en consecuencia, salvo que colaboraran con las fuerzas estadounidenses. También les dio carta blanca en la aplicación de la Orden General 100 (una orden de 1863 que autorizaba a disparar a primera vista a cualquier persona sin uniforme pero que actúe como un soldado o cometa, o pretenda cometer, actos de sabotaje). El mayor Waller informó de que en once días sus marines habían quemado 255 viviendas, matado 13 animales y asesinado a 39 personas. La isla quedó “tan tranquila y pacífica como un cementerio”. Se desconoce el número de civiles asesinados durante esta campaña; un historiador británico apuntó la cifra de 2.500 muertos en 1990, pero la mayoría de los historiadores la elevan a 50.000.      

El 17 de marzo de 1902, el mayor Waller fue sometido a un consejo de guerra por la muerte de 11 filipinos. Durante el juicio, Smith se vio implicado y su infame orden fue conocida por la opinión publica. En mayo de 1902, Smith fue juzgado por un consejo de guerra, pero no por sus crímenes, sino por “obrar contra el buen orden y la disciplina militar”. Su castigo consistió en una reprimenda verbal y en ser retirado del servicio activo. Como curiosidad, las tropas estadounidenses se llevaron tres campanas de la iglesia filipina de San Lorenzo como botín de guerra. Estas campanas fueron devueltas en 2018, 117 años después.

En una entrevista realizada el 16 de diciembre de 1958, un periodista preguntó a Emilio Aguinaldo si se arrepentía de algo de su vida: “Sí. Estoy arrepentido en buena parte por haberme levantado contra España y, es por eso, que cuando se celebraron los funerales en Manila del Rey Alfonso de España, yo me presenté en la catedral para sorpresa de los españoles. Y me preguntaron por qué había venido a los funerales del Rey de España en contra del cual me alcé en rebelión… Y, les dije que sigue siendo mi Rey porque bajo España siempre fuimos súbditos, o ciudadanos, españoles, pero que ahora, bajo Estados Unidos somos tan solo un mercado de consumidores de sus exportaciones, cuando no parias, porque nunca nos han hecho ciudadanos de ningún estado de Estados Unidos… Y los españoles me abrieron paso y me trataron como su hermano en aquel día tan significativo…”