En la primavera de 1945, la Derrota Alemana era inevitable. La República Social Italiana se desangraba en una doble guerra, combatiendo junto a los Alemanes contra los Aliados Occidentales y en una Guerra Civil contra los partisanos.
El 25 de abril, por mediación del Cardenal-Arzobispo de Milán, Ildefonso Schuster, Mussolini se reúne, en el Palacio arzobispal, con miembros del Comité de Liberación Nacional (CLN) para frenar la guerra civil. Pero, a las 17:00 h, el Mando Militar alemán cesa las operaciones en la zona y retira las Fuerzas Militares hacia el Reich. Las conversaciones se rompen. El CLN se sabe victorioso de la mano de los Aliados. Mussolini ya no tiene salida. Duda entre una resistencia sin esperanza en la Valtelina o la huida a Suiza. Pero, en cualquier caso, sin plan alguno. Finalmente, él, Clara Petacci, Alessandro Pavolini, Nicola Bombacci y varios dirigentes más del Partido Fascista se unen a un convoy de 200 soldados alemanes mandados por un Teniente de la Luftwaffe.
El 27 de abril, hacia las 6:30 horas, partisanos comunistas de la Brigada Garibaldi interceptan el convoy. Se produce un enfrentamiento armado, que se prolonga hasta casi las 19:00 horas. La llegada de refuerzos partisanos fuerza un acuerdo: los soldados alemanes pueden proseguir su camino, pero no así los italianos del convoy. El Teniente Schallmayer acepta el trato. La suerte de Mussolini y de sus camaradas está echada. Los partisanos comunican al CLN de Milán que han apresado a Mussolini y a otros varios dirigentes fascistas. Sandro Pertini, dirigente del CLN y futuro Presidente de la República, anuncia por radio la detención de Mussolini y la decisión del CLN de fusilarlo "como un perro rabioso".
El 28 de abril, el Duce y Clara Petacci son llevados a una casa campesina en Dongo. Hasta allí, llega un grupo de partisanos comunistas mandado por Walter Audisio, con orden de ejecutarlos. Mussolini y Clara Petacci son llevados a la aldea Giulino di Mezzegra. Allí, son fusilados, ante las puertas de la Villa Belmonte, a las 16:10 horas.
Los cadáveres son trasladados en un camión hasta Milán. En la mañana del día 29 de abril, son colgados cabeza abajo en una gasolinera de la Plaza Loreto. La chusma apedrea, golpea y ultraja los cadáveres, hasta el punto que el rostro de Mussolini es irreconocible. Finalmente, el CLN ordena la retirada de los cadáveres, así como que sean depositados en cajones de madera y sepultados anónimamente.
El 22 de abril de 1946, tres neofascistas, actuando como Comando "SAM-Squadre d'Azione Mussolini", bajo el mando del periodista Domenico Leccisi, excavan la tumba anónima, en el cementerio de Musocco, y rescatan los restos mortales del Duce. En la tumba vacía, Leccisi deja una nota, que reza así: "Finalmente, Duce, está con nosotros. Le cubriremos de rosas, pero el aroma de su virtud superará el de las rosas".
Cuatro meses después, las autoridades de la República Italiana descubren los restos mortales de Mussolini escondidos en un monasterio del Siglo XV, custodiados por dos monjes. El MSI y Domenico Leccisi lanzan una campaña para que los restos mortales del Duce sean entregados a su familia, lo que se produce en el año 1957. La familia Mussolini dispone que los restos del Duce reposen en una capilla en su pueblo natal, Predappio.