Venimos refiriendo las dificultades que padeció la Flota de Indias en sus travesías desde la Península y viceversa en los distintos viajes organizados de cara a la actuación de los corsarios para interceptar las mercancías que transportaban por el continente americano y en los viajes de grandes recorridos. Bueno es, entonces, que hagamos referencia a las medidas de protección que dictó la Corona para evitar la piratería organizada que operaba auspiciada por algunas de las potencias europeas, celosas de los éxitos alcanzados por españoles y portugueses.

Ya en 1543 se publican cédulas reales ordenando que la navegación a América se organizase en dos flotas anuales convenientemente armadas y equipadas. Fue el primer paso para la creación de un sistema o régimen de flotas en el comercio de Indias.

La organización del tráfico comercial con las Indias no se corresponde a un plan concebido, sino al resultado de una serie de ensayos o tanteos consecutivos. La continua expansión de la conquista y el consiguiente aumento de la población española en América exigen un abastecimiento regular por medio de barcos mercantes. Además, estas naves, necesitan de protección de otros buques para afrontar los peligros de la mar: piratas, corsarios, accidentes y tempestades.

Pese a todo esto, la navegación por el Atlántico se efectúa hasta 1521 en buques aislados y sin ningún tipo de protección. A partir de este año y a instancias de los mercaderes, que solicitan a la Corona que proteja la ruta del Atlántico, toman medidas ocasionales a cargo de la “avería a fondo”, con el que contribuyen los comerciantes para su mejor defensa.

En 1526 se prohíbe que las naves mercantes españolas naveguen en solitario, tanto en el viaje de ida como en el de vuelta. Estos buques deben viajar “en conserva” de flotas armadas y bien pertrechadas, de acuerdo con las normas que dictaba la Casa de Contratación de Sevilla. Nueve años después, se encarga, por vez primera, a una armada real dirigida por el capitán general Blasco Núñez Vela, la custodia de los cargamentos de oro y plata procedentes de las Indias. Otra armada, mandada por el capitán general Martín Alonso de los Ríos, despachada en 1542. Accediendo a las peticiones reiteradas de los comerciantes establecidos en Sevilla, al año siguiente se expiden cédulas reales que obligan, de modo general, a los buques mercantes a viajar a las Indias en dos flotas anuales que deben ir armadas.

La organización definitiva para regular el tráfico entre España y las Indias se promulgaría durante el reinado de los Austrias y sería regulada entre 1564 y 1566. En este tiempo se establece que deben partir de Sevilla cada año dos flotas, una con destino a Nueva España y otra a Tierra Firme. La primera zarpa en primavera y se dirige a las Antillas, mientras que la segunda parte en agosto con rumbo al istmo de Panamá, Cartagena, Santa Marta y otros puertos de América del Sur. Ambas escuadras pasaban el invierno en las Indias para reunirse en marzo en La Habana, desde donde emprendían el regreso a Sevilla. Pero estas fechas no siempre se cumplían y, con frecuencia, pasaban de ser anuales a convertirse en bianuales.

En el siglo XVII, al acentuarse la decadencia española, las comunicaciones entre España y América se hacen cada vez más irregulares y el número de naves que integran las flotas es más variable, según la marcha de los negocios, tamaño de los barcos y estado de la mar.

En la Biblioteca Nacional de Madrid se pueden consultar mapas con rutas entre España, Centroamérica e islas colindantes, según un Islario general, con ilustraciones de barcos utilizados en aquellas travesías comerciales que tanto contribuyeron a sanear la economía española.