¡Ay!, pero tras las elecciones triunfantes del Frente Popular en febrero Maeztu ya sabía que no le quedaban nada más que dos salidas: o marcharse al extranjero y al exilio o quedarse en España y esperar la muerte. Como buen católico confió su vida a Dios y decidió quedarse. Pero una tarde el vehemente vasco no pudo contenerse y desde su asiento en el Congreso, en contestación a un discurso de Indalecio Prieto, pronunció, alterado y nervioso, estas palabras: 

"SI LOS SOCIALISTAS SOSPECHARAN LOS SENTIMIENTOS QUE ANIMAN A LAS DERECHAS DE ESTA CÁMARA NO AMENAZARÍAN CON LA REVOLUCIÓN. CREO SER EL HOMBRE MÁS INOFENSIVO DE LA TIERRA. EN UNA BATALLA NO SERVIRÍA MÁS QUE PARA VÍCTIMA, PORQUE NUNCA HE LLEVADO ARMAS, NI LAS LLEVO, Y SI LAS LLEVARA NO SABRÍA USARLAS. PERO CUANDO SE ME CONMINA CON LA REVOLUCIÓN SOCIAL, QUE, DESPUÉS DE LA EXPERIENCIA RUSA, YA SÉ QUE IMPLICA LA MATANZA GENERAL DE LOS BURGUESES, ME ENTRA EL IMPULSO INCONTENIBLE DE QUITARME LA CHAQUETA, NO PARA PELEAR CON NADIE, SINO PARA QUE ME DEN INMEDIATAMENTE LOS CUATRO TIROS QUE ME CORRESPONDAN, PORQUE ES INTOLERABLE SEGUIR VIVIENDO BAJO EL PESO DE UNA AMENAZA QUE ME ESTÁ PERDONANDO LA VIDA".

   Así estaban las cosas cuando el 13 de julio apareció muerto, asesinado, el cadáver de Calvo Sotelo y eso sí que fue ya la mecha definitiva. Tanto que casi todas las gentes de derechas importantes, entre ellos la mayor parte de los dirigentes y colaboradores de "Acción Española" hicieron las maletas y se marcharon para el exilio, unos hacia Francia y otros hacia Portugal. Maeztu decidió quedarse, a sabiendas de lo que podía llegarle. El 18 de julio, cuando ya han llegado las primeras noticias de la sublevación del ejército de África y se va sabiendo que Mola está sublevando el Norte, el escritor se da cuenta que no puede permanecer en su domicilio y se va a casa de su compañero y amigo José Luis Vázquez Dodero, y en su casa permanece hasta que el 30 de julio se presentan en el domicilio un grupo de milicianos radicales, armados con pistolas y fusiles, que venían, al parecer, buscando a un cura que habían denunciado. Salió a recibirles el propio Maeztu y torpe, o ya entregado, les confesó quien era e incluso les pidió que se lo llevasen detenido. Parecía como si desease la muerte y aquellos milicianos se lo llevaron, a él y a Vázquez Dodero, a la Comisaría de Vigilancia de Buenavista. En un principio el comisario lo quiso dejar en libertad, pero Maeztu se negó a vivir con esa angustia y renunció a la libertad que le daban. Al final fueron conducidos a la cárcel de las Ventas, una cárcel que había sido hasta ese momento cárcel de "Mujeres" y que el frente Popular había convertido en prisión política, dado que ya no había cárceles suficientes en Madrid para dar cobijo a tantos detenidos... Y allí permanecería desde el 2 de agosto hasta el 28 de octubre de 1936.  

"Desde este su primer aposentamiento don Ramiro, pasó a instalarse, en los primeros días de octubre, en la sección que, por anterior destino, conservaba el nombre de "Madres". Y tanto en un sitio, como en otro, por obra y gracia de su genio, la inhóspita ergástula transformóse en aula de los más altos valores húmanos. "Jamás se sintió pesimista", ha escrito en su libro "Las prisiones de Madrid" don G. Arsenio de Izaga, que padeció también cautiverio en aquella cárcel. "Su celda — nos dice — era a menudo cátedra de Filosofía, de Política e Historia y de Literatura, y sus compañeros, escuchándole, se olvidaban de su mísera condición carcelaria." 

También escribía su. "Defensa del espíritu", como Cervantes, su "Quijote" en la cárcel de que nos habla. Y entre aquellos solaces rezaban devotamente el rosario. 

Los detalles de los últimos días del gran pensador nos los ha narrado, en sus declaraciones uno de los reclusos, Basilio López Sánchez, que le, sirvió de eficaz y afectuoso ordenanza. "Era un  labrador de cincuenta años y honrado a carta cabal", nos dice Arsenio de Izaga. Llegó a la cárcel de las Ventas el 26 de junio con otros 25 vecinos de Auñón (Guadalajara), entre ellos un hijo suyo. "Todos, de sanas ideas, católicos y patriotas." Don Ramiro se unió a él con afecto entrañable, y le pagó sus servicios con un abrazo al despedirse para la, muerte: "¡Adiós, amigo Basilio, Hasta la Eternidad!" 

Un carcelero innoble, el miliciano conocido por el nombre estrambótico de "Katiuska", extrañado y molesto por esta despedida, increpó al leal ordenanza: 

  • ¿Qué tienes tú que ver con ese señor? 

    Y añadió, revelando los criminales propósitos con que al cautivo ilustre "se le sacaba"  
  • ¡Mucho cuidado! ¡No te pase a ti lo que le va a ocurrir a él! 

    Esto ocurría el 28 de octubre, de madrugada. Con anterioridad las amenazas de una inmediata muerte se habían precisado, al irrumpir en la prisión una gavilla de milicianos derrotados en Talavera de la Reina, y que en su fuga no pararon hasta la cárcel de las Ventas, en la que entraron sedientos de venganza" (Del Rio Sainz)

Y allí fue, en el cementerio de Aravaca

Y así le llegó el final, porque aunque haya una versión de que lo asesinaron antes de salir de la cárcel, no es cierta, el que murió así fue Ramiro Ledesma Ramos el fundador de la JONS y miembro de la Falange, que al parecer cuando eran conducidos al vehículo que le esperaban en la calle se abalanzó sobre uno de los milicianos con la intención de arrebatarle el fusil y mientras decía: "Sé que me vais a quitar la vida, pero no va a ser donde vosotros queráis, si no donde yo diga"... Y naturalmente allí mismo cayó fusilado. 

Maeztu, y los otros treinta y tantos a los que habían señalado para ese día, llegó al cementerio de Aravaca y allí ante las tapias cayó fusilado. Dicen que antes de morir tuvo tiempo de decir: "Vosotros no sabéis por qué me matáis, pero yo sí sé por lo que muero: ¡Para que vuestros hijos sean mejores que vosotros!".