Iniciada ya la guerra civil, el 15 de septiembre 1936, el bando nacional publica un primer decreto declarando la masonería contraria a la ley y considerando a los masones “reos del crimen de rebelión”. 

El 1 de marzo de 1940, se promulga de Ley de Represión de la Masonería y del Comunismo, que sustituye la Ley de Responsabilidades Políticas de 1939. Estará en vigor hasta la creación del Tribunal de Orden Público en 1963, y contempla la aplicación de penas de cárcel para los grados de la masonería.

Tras la entrada en vigor de la Ley de 1940, la justicia abrió 18.000 expedientes a presuntos miembros de la masonería. La mayoría de los casos fueron desestimadas por el tribunal. Sin embargo, la duda seguía planeando sobre los presuntos culpables.

Mucho se ha criticado a Francisco Franco por su “persecución” de la Masonería. Aunque después de ver en los videos anteriores, especialmente el de la segunda república, la acción e indisimulada de la masonería en los acontecimientos más oscuros de la historia de España queda patente, y no cabe la menor duda, de que cualquier gobernante prudente hubiera hecho lo mismo. La Masonería era el enemigo de España y de la fe católica ¿Caben dudas?