El 23 de diciembre de 1897 el Capitán General de Filipinas, el general Fernando Primo de Rivera y Emilio Aguinaldo, líder militar de la insurgencia armada de Filipinas, firmaban el llamado Pacto de Biak  Na Bato, por el cual  la guerrilla independentista filipina deponía las armas a cambio de  amnistía y de que España aceptara implantar un régimen autonómico en Filipinas, similar al que  en esas fechas estaba a punto de establecerse en Cuba (aunque el régimen autonómico en Filipinas nunca llegó a implantarse finalmente). Además, se estipulaba que Aguinaldo y su núcleo de dirigentes más afines se exiliarían en Hong Kong, un exilio que sería sufragado por el gobierno español.

La guerra independentista tagala en Filipinas había dado comienzo a principios de 1896 y hasta diciembre de 1897 se cobró la vida de unos 2000 soldados españoles en combate o por enfermedades y de más de 10.000 guerrilleros filipinos. Fue una dura campaña de contrainsurgencia en terrenos selváticos, una especie de “Vietnam” para España que envió 25.000 soldados a Filipinas además de movilizar también a miles de filipinos pro hispánicos que también lucharon con valor. Una España que luchaba al mismo tiempo, desde 1895, en otra difícil guerra contrainsurgente en Cuba (a donde habían llegado desde España casi 200.000 soldados)

Los primeros meses de la guerra en Filipinas fueron muy difíciles para España. La rebelión había conseguido movilizar entre 40 y 70.000 tagalos en armas, que disponían de decenas de miles de armas de fuego, gracias a la negligencia del Capitán General de Filipinas, el general Ramón Blanco. Además, Blanco implantó una suicida política de replegar las tropas y abandonar las aldeas en la isla de Luzón, la principal del archipiélago filipino, para concentrarse en defender las ciudades, especialmente Manila. Ello otorgó a los rebeldes el control de la mayor parte de Filipinas

Tan difícil llegó a ser la situación, con Manila prácticamente sitiada por los rebeldes, que a finales de 1896 la prensa anglosajona, como The Times, difundió el bulo de que el ejército español estaba a punto de abandonar Filipinas admitiendo su derrota ante la guerrilla. Pero no fue así. De hecho, el presidente del Gobierno español Antonio Cánovas del Castillo decidió relevar a Blanco y sustituirlo por un oficial mucho más combativo, el general Camilo Polavieja, así como enviar también miles de soldados desde España como refuerzos para tratar de reconquistar el archipiélago.

El cambio de liderazgo militar se notó enseguida. La primera medida de Polavieja fue ordenar el Consejo de Guerra y fusilamiento de José Rizal, líder político e intelectual del Katipunan, el movimiento independentista filipino. También a partir de principios de 1897 en una serie de enérgicas ofensivas, Polavieja, apoyado eficazmente por su brillante jefe de Estado Mayor, el general Lachambre, rompió el cerco de Manila y recuperó el control de la mayor parte de las provincias de Cavite, Bulacán y Nueva Écija, en Luzón, tras derrotar a los rebeldes en las sangrientas batallas de Cacarong, Silang, Imús y Pérez Dasmariñas. Pero a mediados de 1897 Polavieja, cuya salud estaba minada por el clima filipino, presentó su dimisión.

Además, su desacuerdo con el Gobierno de Cánovas del Castillo, que se oponía a los nuevos envíos de tropas que Polavieja reclamaba para poder pacificar todo el archipiélago, fue otro factor considerable en su decisión de dimitir como Capitán General de Filipinas. Polavieja regresó a España y fue recibido multitudinariamente como un héroe militar en Barcelona, Zaragoza y Madrid. El presidente Cánovas sustituyó a Polavieja por el general Fernando Primo de Rivera (tío del futuro dictador, Miguel Primo de Rivera, quien se distinguió como joven oficial en diversas acciones de la guerra de Filipinas).

Fernando Primo de Rivera, siguiendo las órdenes del Gobierno, reorganizó el despliegue militar español en Filipinas, aceptando las primeras retiradas de tropas y el regreso de algunos batallones de vuelta a España. Consiguió algunos éxitos como la toma de San Rafael y en general pudo arrinconar a los rebeldes hacia las montañas. También llevó a cabo una política de negociaciones con los rebeldes para intentar atraerlos hacia la entrega de las armas. Fruto de esa política, que combinaba las operaciones militares con la negociación, fue finalmente el pacto de Biak Na Bato, en diciembre de 1897. Según las crónicas, al firmar el acuerdo Primo de Rivera y Aguinaldo se abrazaron e incluso Aguinaldo y sus colaboradores dieron vivas a España y al rey.

En su momento se consideró el Pacto como la certificación de la victoria española ya que los rebeldes deponían por fin las armas, aunque también hubo quien consideró que el Pacto tendría corta vida y que más que una victoria era un final pactado en el que se había renunciado a una auténtica victoria total. Esto en parte era cierto, aunque también es verdad que, tal como dijo Primo de Rivera, continuar la guerra hasta la total extinción de los rebeldes hubiera costado años y muchas bajas españolas más.

Sin embargo, al final fue cierto que el Pacto tuvo corta vida, aunque ello fue debido a la declaración de guerra norteamericana contra España, en abril de 1898. La escuadra española de Filipinas fue destruida por la norteamericana. En aquel momento los rebeldes filipinos de Emilio Aguinaldo volvieron a las armas apoyando la invasión norteamericana de Filipinas. Finalmente, las tropas españolas abandonaron definitivamente Filipinas en 1899, tras el heroico episodio de la defensa de la iglesia de Baler, durante casi un año por un destacamento aislado, al mando del capitán De Las Morenas y del teniente Cerezo.

Pero la ironía final fue que poco después, Aguinaldo y los insurgentes filipinos volverían a levantarse en armas, esta vez contra los ocupantes norteamericanos, cuando comprobaron que éstos habían llegado para quedarse. Los Estados Unidos llevarían a cabo brutales campañas en una guerra que duró años hasta conseguir someter a los combativos filipinos. Varias décadas más tarde un Emilio Aguinaldo ya anciano, lamentaría haberse sublevado contra España y recordaría con afecto a España, en comparación con la brutal ocupación norteamericana. Filipinas sería colonia de Estados Unidos hasta 1946.