El 30 de julio de 1789 zarpó del puerto de Cádiz la expedición del marino Alejandro Malaspina compuesta por las corbetas Atrevida y Descubierta.  El marino era un italiano al servicio de España, de reconocido prestigio, que propuso en 1788 al ministro de Marina, Antonio Valdés, un viaje científico para realizar observaciones astronómicas y de coordenadas  geográficas, levantamientos de cartas marítimas e hidrográficas, en costas poco conocidas, además de estudios de ciencias naturales y exámenes de la situación económico-social de la América española, con la intención de proponer modificaciones legislativas.

Para hacer uso de la “carta blanca” otorgada por el ministro Valdés, el marino al servicio de España, consultó y enroló en su proyecto a expertos reconocidos, como Ulloa, Jorge Juan, Cayetano Valdés, Bauzá, Antonio Pineda, Dionisio Alcalá Galiano, Louis Née, entre otros; durante el viaje se agregaría el naturalista alemán Tadeo Haenke.

Desde el puerto de Cádiz la expedición tomaría rumbo al Puerto de la Plata y, después de recorrer la costa patagónica, las islas Malvinas y Tierra de Fuego,  doblaron el Cabo de Hornos en enero de 1790, fueron subiendo por la costa americana del Pacífico, recalando en algunos puntos en los que los naturalistas se adentraban a pie para efectuar sus estudios. Tras varias estancias en Caquimbo, las islas de Juan Fernández, El Callao y Lima, donde efectuaron observaciones científicas y sociales de todo tipo, la expedición puso rumbo a Panamá para medir la diferencia de nivel de los dos océanos y redactó la posibilidad de un canal. Al zarpar de Panamá, el 15 de diciembre de 1790, las dos corbetas se separaron, yendo la Atrevida, por las costas de Guatemala y Nueva España hacia San Blas, mientras la Descubierta marchó directamente a Acapulco, donde volvieron a juntarse.

Ya juntas de nuevo las dos corbetas, iniciaron la exploración de América del Norte, llegando en julio de 1791 a Puerto Mulgrave, en Alaska, a más de 59º de lalitud norte. Allí comprobaron que era falsa la existencia del supuesto estrecho de Anian que Ferrer Maldonado pretendía haber descubierto en 1588 y que unía el Atlántico con el Pacífico.

En agosto de 1792, la Atrevida y la Descubierta zarparon, con sus 102 hombres cada una, por Nootka y México hacia las islas Marianas y Filipinas, llegado a Manila el 25 de marzo de 1792; donde falleció el naturalista Pineda. Salieron el 14 de noviembre para recalar en Nuevas Hébridas, Nueva Zelanda y Sidney.

Volvieron a cruzar el Pacífico, ahora hacia el este, para recalar en El Callao el 31 de julio de 1793, donde ambas corbetas se separaron para reunirse nuevamente en Montevideo y, ya juntas, emprender viaje de regreso a Cádiz, tras recorrer de nuevo las Malvinas, y terminar la expedición el 21 de septiembre de 1794, en el puerto de Cádiz.

El objetivo de la expedición aspiraba a perfilar un cuadro razonado y coherente de los dominios españoles. También habían acumulado una cantidad ingente de material: la colección de especies botánicas y minerales, así como observaciones científicas (llegaron a trazar setenta nuevas cartas náuticas) y dibujos, croquis, bocetos y pinturas, era impresionante y, sin duda, la mayor que habrían de reunir en un solo viaje navegantes españoles en toda su historia. El herbario de Luis Née fue donado al Real Jardín Botánico de Madrid, donde se conserva actualmente, y muchas especies fueron descritas gracias a estos materiales.