Una vez que Vizcaya pasó a incorporarse al dominio directo de la Corona de Castilla en 1369, algún tiempo después la Corona dio un paso más en la tarea de asentar firmemente su poder en el territorio vizcaíno.  A finales del siglo XIV apareció la figura del Corregidor, que, de algún modo, aun respetando la Corona plenamente el contexto foral, venía a ser una especie de "virrey" de Vizcaya al servicio del rey de Castilla. La figura del corregidor se extendió a Guipúzcoa. 

El corregidor tenía funciones de carácter judicial, así como la misión de organizar la movilización militar en tiempos de guerra. También tenía la función de presidir las Juntas Generales de Vizcaya, para asegurarse que no se tomaban en ellas decisiones contrarias a la jurisdicción de la Corona. 

 La aparición de esta figura, lejos de ser una imposición de los reyes, respondió, de hecho, a las peticiones de las Hermandades de las villas de Vizcaya que deseaban que se estableciera un poder real más firme, para luchar contra los excesos de los linajes señoriales que mantenían permanentes guerras entre ellos, muy devastadoras para el Señorío de Vizcaya. Este fenómeno también se daba en Guipúzcoa. Es lo que se conoce como "luchas banderizas".

En teoría en Vizcaya no había nobles ya que según el Fuero todos los vizcaínos eran hidalgos, pero esto no era más que una ficción ya que en la práctica los linajes señoriales eran auténticos clanes nobiliarios que luchaban entre sí más o menos agrupados en dos bandos, los "oñacinos" liderados por el clan guipuzcoano de los Oñaz y los gamboinos, dirigidos por los Gamboa, pero en realidad la lucha era un caos total. En Vizcaya, por ejemplo, los Butrón, los Avendaño y los Leguizamon combatían sin cesar y otros muchos linajes.

El primer corregidor de Vizcaya fue don Gonzalo Moro, que entre 1394 hasta su muerte en 1427, llevó a cabo una dura tarea de represión contra los banderizos. Hay que aclarar que en Vizcaya estas luchas "banderizas" no tuvieron ningún matiz político separatista por parte de ninguno de los bandos y de hecho en esta época los vizcaínos lucharon abundantemente en Andalucía en las campañas de la Reconquista, bajo los reyes de Castilla, por ejemplo, en el famoso asedio de Antequera y sus buques lucharon también formando parte de la escuadras castellanas en las guerras contra Inglaterra.

 El suceso de Moro como corregidor Juan de Burgos murió ese mismo año 1427 en un "atentado" cometido en la asamblea de Arbildua congregada para dirimir las diferencias entre los Olavarrieta y los Arescurenaga. El corregidor murió de un disparo de ballesta. Sus asesinos fueron capturados y ejecutados, así como varios miembros de los Arescurenaga, a los que se suponía implicados en el asesinato.

 Contra los banderizos los corregidores usaron duros métodos como la pena de "empozamiento", o sea tirarlos a un pozo y dejarlos morir de hambre o el "desmoche" de sus torres fortaleza, o sea derruir su parte superior. A veces se les desterraba hacia otras zonas de Castilla.

 Las luchas banderizas fueron un grave problema en las provincias vascas durante cerca de dos siglos, hasta el reinado de los Reyes Católicos, quienes hacia la década de 1480 lograron acabar con ellas, tras tomar duras medidas contra los rebeldes. Los Reyes Católicos actuaron de acuerdo con las villas de Vizcaya, empezando por Bilbao, que eran quienes más pedían medidas drásticas contra los banderizos.

 En definitiva, los corregidores son la demostración de lo absurdo de las teorías de Sabino Arana, que mantenía que Vizcaya era independiente durante la Edad Media y la Moderna, algo que ningún historiador vasco mínimamente serio sostiene.

Por cierto, Gonzalo Moro, el primer corregidor de Vizcaya (y también de hecho actuó en Guipúzcoa) era el propietario de las tierras donde se erigió la iglesia de Santa María de la Antigua, en Guernica, frente a la que se erigió la Casa de Juntas de Vizcaya. 

El sectarismo del PNV ha hecho que Gonzalo Moro no tenga ninguna placa que lo recuerde allí (ya que ello sería admitir las vinculaciones castellanas de la foralidad vasca).